・沖縄美ら海水族館（沖縄県国頭郡本部町）
・海遊館（大阪府大阪市）
・名古屋港水族館（愛知県名古屋市） or 横浜・八景島シーパラダイス（神奈川県横浜市）
2015年度の入場者数は綜合ユニコムによると、沖縄美ら海水族館が340万人、海遊館が245万人、名古屋港水族館が205万人、新江ノ島水族館（神奈川県藤沢市）が183万人、八景島シーパラダイスが159万人の順になるが、「三大」となると名古屋港水族館ではなく八景島シーパラダイスを入れるケースが多い。なお、展示数と種類数の国内最大は、アクアマリンふくしま（福島県いわき市）の9万7000点（785種）と鳥羽水族館（三重県鳥羽市）の1200種（3万点）となる（それぞれ2017年3月と2013年4月の時点での数値）。